哈尔滨工程大学期刊社隶属于国家“211工程”“985”工程优势学科创新平台项目重点建设高校——哈尔滨工程大学。在工业和信息化部、教育部的指导下，在学校的大力支持下，期刊社始终坚持“构建一流平台，打造精品期刊”的办刊目标，下设《哈尔滨工程大学学报》《Journal of Marine Science and Application》《智能系统学报》《应用科技》4个期刊编辑部，四刊各具特色，准确定位，高质量发展获多方好评。

《哈尔滨工程大学学报》（月刊），1980年创刊，由工业和信息化部主管、哈尔滨工程大学主办，是国内外公开发行的理工科综合性学术期刊。该刊为中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国科学引文数据库（CSCD）数据库收录期刊。入选《中国学术期刊影响因子年报》Q1区、《科技期刊世界影响力指数报告》Q2区，中国科协《高质量科技期刊分级目录》舰船科学领域T1级、航海领域T1级、兵器科学与技术领域T2级、声学领域T3级。连续20年被美国《工程索引》（Ei Compendex）数据库收录，并被Scopus、CA、BMTA等国际重要数据库收录。获得省精品出版工程资助项目、卓越计划工信科技期刊集群项目支持，荣获黑龙江省首届政府出版奖、黑龙江省社会效益评价优秀期刊、中国高校百佳科技期刊以及中国高校优秀期刊等诸多项荣誉。

《Journal of Marine Science and Application》（船舶与海洋工程学报，季刊），2002年创刊，是中国造船工程学会唯一英文会刊，由哈尔滨工程大学与Springer Nature联合出版，刊登船舶与海洋工程领域前沿研究学术成果。《Journal of Marine Science and Application》作为中国科技核心期刊，已被ESCI数据库、Scopus数据库、INSPEC数据库、中国科学引文数据库（CSCD）等收录。获“中国科技期刊卓越行动计划”一期项目和二期项目、“中国科技期刊国际影响力提升计划项目”“精品出版工程项目”等多个项目资助，连续8年荣获“中国国际影响力优秀学术期刊”，并获得“第二届黑龙江省出版奖”“中国高校百佳科技期刊奖”“中国造船工程学会优秀单位”等重要奖项，入选中国科协《高质量科技期刊分级目录》舰船科学领域T2级、地球科学领域T2级、航海领域T3级、声学领域T3级，《世界科技期刊影响力指数报告》船舶、舰船工程学科Q1区。

《智能系统学报》（双月刊），2006年创刊，（CAAI Transactions on Intelligent Systems）为中国人工智能学会会刊，由哈尔滨工程大学和中国人工智能学会联合主办。该刊5次获国家自然科学基金资助，曾获中国高校百佳科技期刊、中国科技论文在线优秀期刊一等奖、中国高校特色科技期刊、工业和信息化部优秀期刊等多项荣誉。目前被中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国科学引文数据库（CSCD）、美国《剑桥科学文摘》、荷兰Scopus、英国INSPEC数据库等多家国内外重要数据库收录。入选《世界科技期刊影响力指数报告》，入选中国科协《高质量科技期刊分级目录》计算领域T2级、图像图形领域T2级、仿真科学与技术领域T3级、指挥与控制领域T3级，入选清华大学智能方向权威期刊列表A类。在21种信息与系统科学相关工程与技术类中国科技核心期刊中学科影响排名第3，红点指标排名第1。

《应用科技》（双月刊），1974年创刊，由工业和信息化部主管、哈尔滨工程大学主办。期刊曾获教育部科技司“中国高校特色科技期刊奖”“黑龙江省十大科技精品期刊”等多项荣誉。该刊为中国科技核心期刊，并已被美国剑桥科学文摘（CSA）、中国学术期刊综合评价等重要数据库收录。